SHY 東京奪還編

臆病だったヒーローは、今、真の勇気を試される――。

謎の少年スティグマ率いる悪の組織アマラリルクとの激闘を経て、少しずつ成長の兆しを見せ始めた日本のヒーローシャイ。祖国へと戻った彼女の前に現れたのは、忍者の里から逃げ出してきた少女天王寺藍（てんのうじあい）だった。藍はアマラリルクの一員を追って里を出たのだという。

そんな中、突如として東京が漆黒の球体に包み込まれ、街ごと消失するという未曾有の事件が発生。危機に陥った日本を救うため、世界各国のヒーローたちが出動を開始する――。